Na terenie Rezerwatu Niebieskie Źródła występuje prawie 400 gatunków roślin, około 75% z nich to gatunki pospolite. Do rzadko spotykanych w tej części kraju gatunków należą: wierzba czarniawa, rzeżucha niecierpkowa, turówka wonna, grzybienie białe oraz paprocie – nasięźrzał pospolity i nerecznica grzebieniasta. Roślinność wodna jest za to uboga, co związane jest głównie z warunkami termicznymi wywierzysk. Oprócz tego w rezerwacie rosną: ziarnopłon wiosenny, bluszczyk kurdybanek, podagrycznik pospolity i czeremcha zwyczajna.
Rezerwat jest ostoją około 75 gatunków ptaków. Liczne są czernice, kaczki krzyżówki i łabędzie nieme, spotyka się tu także gatunki rzadkie, takie jak remiz, zimorodek, ohar, gil, krętogłów i strzyżyk zwyczajny. Wiele gatunków ptaków tu zimuje, gdyż woda w zbiorniku nie zamarza. Ryby reprezentowane są przez okonie, szczupaki i płocie, płazy m.in. przez traszkę grzebieniastą, żabę trawną i ropuchę szarą. Z bezkręgowców w rezerwacie żyją m.in.: pijawka kacza, szczeżuja wielka, żagnica sina, bagiennik żółtorogi i nartniki.